依据《农业部办公厅关于公布第八批国家级水产种质资源保护区面积范围和功能分区的通知》（农办渔〔2015〕39号），黄湓河鰕虎鱼青虾水产种质资源保护区位于安徽省东至县黄湓河下游张溪段，总面积357公顷，其中核心区面积211公顷，实验区面积146公顷。地理坐标范围在东经117°00′42″—117°05′59″，北纬30°12′30″—30°20′42″之间，自上而下流经张溪镇仙亭村上下邹开始，经梅树亭、塔石、东湖、六联、浦塘、白联、联盟等村至黄湓河入河口杨峨头，全长28.4千米。
核心区位于黄湓河张溪段张溪镇仙亭村上邹（117°05′20″E，30°12′30″N）至苦菱沟（117°01′03″E，30°16′44″N），全长13.6千米。
实验区范围为张溪镇东湖村高湖圩苦菱沟（117°01′03″E，30°16′44″N）至张溪镇联盟村杨峨头（117°00′44″E，30°20′42″N），全长14.8千米。